تعتمد جامعة الزعيم الأزهري في نظامها الدراسي على نظام الساعات المعتمدة المعدل وهو نظام يقوم على حصول الطالب على عدد من الساعات المعتمدة في كل فصل دراسي بحيث يكون مجموع الساعات المعتمدة التي يحصل عليها بنجاح في جميع الفصول الدراسية مؤهلة له للتخرج من الكلية المعنية والتخصص الذي التحق به. 

(1) كلية الهنــدسة: 

   تضم الكلية ثلاثة أقسام: الهندسة المدنية - الهندسة الكهربائية - هندسة الحاسوب. 

وتعتمد خطة الدراسة في الكلية على نظام الساعات المعتمدة المعدل، ولكي يحصل الطالب على درجة بكالوريوس الشرف، عليه النجاح في جميع المقررات الموضحة في خطة الدراسة كما يجب ألا يقل مجموع الساعات المعتمدة عن الحد الأدنى المقرر لأي تخصص (205- 210 ساعة) في عشرة فصول دراسية والتخصصات هي : 

•         بكالوريوس الشرف في الهندسة المدنية . 

•         بكالوريوس الشرف في الهندسة الكهربائية .

•         بكالوريوس الشرف في هندسة الحاسوب .

 بالإضافة إلى دبلوم الهندسة المدنية – ستة فصول دراسية –  بعدد (132) ساعة معتمدة.

 (2) كلية الزراعة: 

   تشمل الخطة الدراسية منهجاً دراسياً متكاملاً يعتمد على نظام الساعات المعتمدة المعدل حيث يدرس الطالب 180 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية، يدرس في الفصول الخمسة الأولى منها أساسيات العلوم الزراعية ثم يقضي الفصول الخمسة التالية في دراسة علوم التخصص الذي تم ترشيحه له. والتخصصات المعمول بها حالياً في الكلية هي : الإنتاج الحيواني - البساتين - الاقتصاد الزراعي - الإرشاد الزراعي والتنمية الريفية - علوم وتكنولوجيا الأغذية - وقاية النبات والدراسات البيئية. وتمنح الكلية بكالوريوس الشرف حسب التخصص. 

(3) كلية علوم الأشعة والتصوير الطبي:

   تشمل الخطة الدراسية منهجاً دراسياً متكاملاً يعتمد على نظام الساعات المعتمدة المعدل حيث يدرس الطالب 177 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح الطالب بعدها بكالوريوس الشرف في علوم الأشعة والتصوير الطبي. 

(4) كلية علوم المختبرات الطبية: 

   وهي من الكليات المتخصصة في المجال الطبي التقني وتوجد بها خمسة تخصصات هي : الطفيليات والحشرات الطبية - الكيمياء السريرية - أمراض الأنسجة والخلايا - أمراض الدم ومبحث المناعة الدموية - الأحياء الدقيقة. تتبع الكلية نظام الساعات المعتمدة المعدل في الدراسة. يدرس الطالب ستة فصول دراسية علوم المختبرات الطبية ثم يقضي الأربعة فصول التالية في دراسة التخصص.

 يدرس الطالب 182 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالريوس الشرف في علوم المختبرات الطبية في التخصص الذي درسه.

(5) كلية الصحة العامة: 

  يوجد بالكلية أربعة أقسام إدارية هي: الوبائيات - صحة وسلامة الغذاء - الصحة العامة - صحة البيئة والتثقيف الصحي، وتعتمد خطة الدراسة في الكلية على نظام الساعات المعتمدة المعدل، حيث يدرس الطالب 180 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف في (الصحة العامة).

(6) كلية العلوم السياسية والدراسات الإستراتيجية:

   تعمل الكلية بنظام الساعات المعتمدة المعدل وتضم تخصصين:

-  العلوم السياسية: يتخرج الطالب بدرجة البكالوريوس العام بعد دراسة 154 ساعة في ثمانية فصول دراسية وبكالوريوس الشرف بعد دراسة 181 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية.

- الدراسات الإستراتيجية: يتخرج الطالب بدرجة البكالوريوس العام بعد دراسة 151 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية وبكالوريوس الشرف بعد دراسة 178 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية. 

(7) كلـــية الطــب: 

   تعمل الكلية بنظام الساعات المعتمدة المعدل، وتتبع الكلية المنهج المتكامل نحو المجتمع، وأسلوب التعلم الذاتي وحل المشاكل. ويتخرج الطالب بعد دراسة 211 ساعة معتمدة حسب الخطة الدراسية المتكاملة خلال عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الطب والجراحة . 

(8) كلية العلوم الطبية التقنية: 

   تعمل الكلية بنظام الساعات المعتمدة المعدل. وتتبع الكلية منهجاً تكاملياً بين العلوم الطبية  والعلوم الأساسية والسريرية والتعلم الذاتي عن طريق حل المشاكل بالتدريب الميداني، وتمنح الكلية الدرجات التالية:

1/ درجة البكالوريوس العام في التمريض بعد دراسة 173 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسة 

2/ درجة البكالوريوس العام في التخدير بعد دراسة 174 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية 

3/ درجة البكالوريوس العام في القبالة (طالبات فقط) بعد دراسة 173 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية

4/ درجة البكالوريوس العام في العلاج الطبيعي بعد دراسة 147 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية.

5/ درجة بكالوريوس الشرف في التغذية والتغذية العلاجية بعد دراسة 175 ساعة معتمدة في     عشرة فصول دراسية

 (9) كلية التربية:

   تطبق الكلية في خطتها الدراسية نظام الساعات المعتمدة  المعدل ويوجد بالكلية عشرة أقسام، أربعة منها أقسام علمية هي: الرياضيات - الفيزياء - الأحياء والكيمياء، وستة منها أقسام أدبية هي: اللغة الانجليزية - اللغة العربية - الجغرافيا - التاريخ  - الدراسات الإسلامية وعلم النفس. وتحوي الخطة الدراسية مجموعة من المقررات في مجال العلوم التربوية. وعلى الطالب أن يكمل 183 ساعة معتمدة بنجاح في عشرة فصول ليمنح بعدها درجة بكالوريوس الشرف في أحد التخصصات الآتية: 

   1. بكالوريوس الشرف في التربية والعلوم في : 

• الرياضيات.
• الفيزياء.
• الأحياء.
• الكيمياء.

2. بكالوريوس الشرف في التربية والآداب في : 

• اللغة الإنجليزية.
• اللغة العربية.
• الدراسات الإسلامية.
• الجغرافيا.
• التاريخ.
• علم النفس

3 . بكالوريوس الشرف (مرحلة الأساس):

  يتخرج الطالب بمرتبة الشرف بعد دراسة وإكمال (178) ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية، وتتبنى الكلية نظام التخصص المنفرد (دراسة تخصص منفرد)، والتخصصات هي:

• اللغة الإنجليزية
• العلوم  (الفيزياء، الكيمياء، الأحياء) 
• الرياضيات
• اللغة العربية 
• التربية الإسلامية 
• الحاسوب والعلوم التقنية  
• التاريخ
• الجغرافيا

(10) كلية العلوم الحضرية: 

   تعمل الكلية في خطتها الدراسية بنظام الساعات المعتمدة المعدل حيث ينهي الطالب متطلبات التخرج ويمنح بعدها بكالوريوس الشرف وذلك بعد إكمال الساعات المعتمدة لكل تخصص.

ويوجد في الكلية التخصصات التالية : 

•   التخطيط الحضري: 203 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية.

•   علوم البيئــة: 179 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية. 

•   علوم السكــان: 176 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية.

•   علوم تنمية المــرأة: 181 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية

 (11) كلية الشريعة والقانون: 

  تشمل الخطة الدراسية للكلية منهجاً دراسياً متكاملاً في الشريعة والقانون. وتعتمد الدراسة في الكلية علي نظام الساعات المعتمدة المعدل ويدرس الطالب 162 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها درجة البكالوريوس العام في الشريعة والقانون و182 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالريوس الشرف في الشريعة والقانون.  

(12) كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية: 

   تعتمد الخطة الدراسية في الكلية على نظام الساعات المعتمدة المعدل حيث يدرس الطالب في تخصص إدارة الأعمال 164 ساعة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها درجة البكالوريوس العام ويدرس طالب بكالوريوس الشرف 194 ساعة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف، أما في تخصص المحاسبة فيدرس طالب البكالوريوس العام 158 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها درجة البكالوريوس العام ويدرس طالب بكالوريوس الشرف 185 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف و في تخصص الاقتصاد فيدرس طالب البكالوريوس العام 149 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها درجة البكالوريوس العام ويدرس طالب بكالوريوس الشرف 179 ساعة معتمدة في عشرة فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف.

 بالإضافة إلى دبلوم المحاسبة – ستة فصول دراسية –  بعدد (90) ساعة معتمدة.

 (13) كلية علوم الحاسوب وتقانة المعلومات:

    تعتمد الخطة الدراسية في الكلية على نظام الساعات المعتمدة المعدل، حيث يدرس الطالب 171 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف في تقانة المعلومات و169 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف في علوم الحاسوب و169ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية يمنح بعدها بكالوريوس الشرف في نظم المعلومات.

 (14) كلية السياحة والفنادق:

   يوجد بالكلية أربعة أقسام هي: قسم إدارة السياحة، قسم إدارة الفنادق والضيافة، قسم الإرشاد السياحي وقسم المطاعم والأغذية. وتعتمد الخطة الدراسية في الكلية على نظام الساعات المعتمدة المعدل حيث يدرس الطالب 160 ساعة معتمدة في ثمانية فصول دراسية، يمنح بعدها بكالريوس الشرف في التخصص. 

(15) كلية تنمية المجتمع

جاء قرار إنشاء الكلية كإحدى كليات جامعة الزعيم الأزهري وذلك في مارس 2012م وبدأت أنشطتها في العام 2017 وذلك إنطلاقاً من دور الجامعة الريادي نحو خدمة المجتمع علي المستويين المحلي والخارجي، والتي تعتبر من الأهداف الرئيسة التي تحظى بإهتمام كبير من قبل الجامعة في العديد من المجالات المختلفة .

وتعمل الكلية على تقديم الخدمات الدعوية والتربوية والتعليمية والثقافية والرياضية والاجتماعية لمنطقة شرق النيل ولكل بقاع السودان بإذن الله تعالي، وستقوم الكلية بتقديم تلك الخدمات في إطار مسئولياتها المجتمعية.

ويقع مقر الكلية حالياً بمجمع العباسية (أم درمان).

المستهدفون:

1. المجتمع حول الكلية .
2. الطلاب ، سواء كانوا سودانيين أو وافدين .
3. العاملون بالجامعة وأسرهم .
4. الدعاة والأئمة والمهتمون بقضايا الدعوة .

(17) كلية طب الأسنان:

أنشئت في العام 2018 ومقرها مجمع بحري، وتنتهج الكلية فلسفة الجامعة في خدمة وحل مشاكل المجتمع وتعزيز خدمات صحة الفم الوقائية والعلاجية.

تهدف الكلية إلى تخريج طبيب أسنان متميز مواكب لمتطلبات طب الأسنان آنياً ومستقبلاً.

مدة الدراسة بالكلية عشرة فصول دراسية يمنح بعدها الطالب درجة البكالوريوس في طب وجراحة الفم والأسنان (BDS).