في بدايات العام 1990 م صدر قرار جمهوري بتكوين لجنة لتأهيل مدرسة السيد / اسماعيل الأزهري المتوسطة ، بدأت اللجنة أعمالها بإجتماع أول عقد بسلاح الموسيقي ببحري تحت إشراف العميد حسن كركب ، تكرر الاجتماع للمرة الثانية بالقصر الجمهوري تحت إشراف العقيد محمد محمود جامعة وبحضور نفر كريم من الوطنيين ، وعند عرض نص القرار الجمهوري وهو تأهيل مدرسة الأزهري المتوسطة للبنات ، تقدم السيد / بشير النفيدي باقتراح جاء فيه : " إن الزعيم الأزهري أكبر من أن تؤهل مدرسة باسمه واقترح أن تنشأ جامعة باسم الزعيم الأزهري وسندعم تنفيذ القرار" .
وافق الاجتماع بالإجماع على الاقتراح وتم رفعه للسيد / رئيس الجمهورية الذي اصدر القرار رقم ( 485- 1990 م ) الذي ينص على إنشاء جامعة قومية تحمل اسم الزعيم الأزهري تنشأ بالجهد الشعبي وأن يوضع حجر الأساس لها في أعياد الاستقلال 1991 م .
البداية
بدأت الجامعة بخمس كليات هي : ( الطب – الهندسية – التربية – الزراعة – العلوم السياسية والدراسات الإستراتيجية ) ، وفتحت الجامعة أبواب التقديم في 1991 م ولم تقبل أول دفعة إلا في العام 1993 م – 1994 م بعد أن صارت الجامعة حكومية تتبع لوزارة التعليم العالي والبحث العلمي .
من أهلية إلى حكومية
دفعاً لمسيرة الجامعة طلب السيد / وزير التعليم العالي اجتماعاً عاجلاً مع مجلس الجامعة يشرفه السيد رئيس الجمهورية الفريق الركن عمر حسن أحمد البشير ، وبالفعل تم الاجتماع وحضره بجانب وزير التعليم العالي والسيد وزير الداخلية والسيد / رئيس الجمهورية ، توصل الاجتماع وبالأغلبية لأن تتحول الجامعة إلى جامعة حكومية ليأتي القرار الجمهوري رقم ( 22-1993م ) الذي تحولت الجامعة بموجبه إلى جامعة حكومية ، وأعقب هذا القرار صدور القرار الجمهوري رقم ( 225-1993م ) بتكوين مجلس جامعة الزعيم الأزهري الأول برئاسة الأستاذ أحمد زين العابدين وعضوية واحد وستون آخرون .
في هذه الفترة بدأت الدراسة بالجامعة وتم قبول أول دفعة بالكلية الإعدادية ليتوزع الطلاب بعدها للكليات الخمس التي بدأت بها الجامعة ، واستطاعت إدارة الجامعة أن تضم مدرسة الأميرية المتوسطة ببحري للجامعة حيث أصبحت مقراً لمجمع بحري لاحقاً.
والان بلغت عدد الكليات سبعة عشر كلية وهي:
1. الطب 
2. كلية طب الأسنان
3. المختبرات الطبية 
4. كليـة الصحة العامة 
5. كليـة علوم الأشعة والتصوير الطبي 
6. كليـة العلوم الطبية التقنية ولديها خمس أقسام هي: التمريض ، التخدير ، العلاج الطبيعي، القبالة ( طالبات فقط ) وقسم التغذية والتغذية العلاجية 
7. كلية الهندسة ولديها ثلاثة اقسام هي: الهندسة الكهربائية ، الهندسة المدنية وقسم هندسة الحاسوب 
8.  كلية علوم الحاسوب وتقانة المعلومات ولديها ثلاثة اقسام هي: علوم حاسوب، تقانة معلومات وقسم نظم المعلومات 
9. كليـة الزراعـة ولديها سته اقسام هي: وقاية النبات والدراسات البيئية، الارشاد الزراعي والتنمية الريفية، البساتين، الاقتصاد الزراعي ، الانتاج الحيواني وقسم علوم وتكنولوجيا الاغذية.
10. كليـة التربية ولديها عشرة اقسام هي: الاحياء، الكيمياء، الرياضيات، الفيزياء، اللغة العربية، اللغة الانجليزية، الجغرافيا، التاريخ ، علم النفس وقسم الدراسات الاسلامية
11. كليـة التربية مرحلة الأساس 
12. كليـة العلـوم السياسية والدراسـات الاستراتيجية ولديها قسمين هما: العلوم السياسية وقسم الدراسات الاستراتيجية 
13. كليـة الاقتصاد والعلوم الإدارية ولديها ثلاثة اقسام هي: الاقتصاد، المحاسبة وقسم ادارة الاعمال
14. كليـة العلوم الحضرية ولديها أربعة اقسام هي: التخطيط الحضري، تنمية المرأة ، علوم السكان وقسم علوم البيئة 
15. كليـة الشريعة والقانون 
16. كلية السياحة والفنادق ولديها اربعة اقسام هي: ادارة السياحة ، ادارة الفنادق والضيافة ، الأغذية والمطاعم وقسم الارشاد السياحي.
17. كلية تنمية المجتمع ولديها قسمين هما: علم الاجتماع وقسم الخدمة الاجتماعية.